- SVG est un format de graphique vectoriel basé sur l’XML, simple et pris en charge par pratiquement toutes les plateformes, et permet d’intégrer des scripts pour créer des visualisations interactives.
- Une ancienne visualisation SVG conçue il y a 20 ans dans le cadre de recherches sur les réseaux mycéliens montre qu’elle fonctionne toujours parfaitement sur les navigateurs modernes, démontrant ainsi la pérennité du format.
- Avec un seul fichier SVG autonome, il est possible d’effectuer le chargement, le traitement, la visualisation et l’interaction des données entièrement côté client.
- En lien avec le concept des « quatre P » d’Anil (Permanence, Provenance, Permission, Placement), cette approche met l’accent sur la durabilité du SVG, la compatibilité de gestion de versions, la séparation des permissions et son expression spatiale.
- Grâce à la puissance de calcul accrue des navigateurs modernes, il devient possible d’implémenter l’ensemble du pipeline d’analyse de données au sein d’un SVG, ce qui est crucial pour améliorer le partage de la recherche et la reproductibilité.
Potentiel du SVG et idéal de la publication scientifique
- SVG est un format de graphique vectoriel simple basé sur XML, affiché nettement sur tous les appareils, et permet d’intégrer des scripts pour créer des contenus interactifs.
- Il dispose de capacités puissantes que la plupart des utilisateurs ne perçoivent pas, et qu’il serait possible d’exploiter plus activement.
- Il défend l’idéal selon lequel un article scientifique devrait offrir un environnement totalement interactif capable de soutenir l’exploration des données et la reproductibilité des expériences.
- Certaines expériences sont difficiles à reproduire immédiatement pour des raisons de coûts et de temps, mais dans le domaine de l’informatique, elles sont souvent tout à fait réalisables.
Redécouverte d’un outil de visualisation SVG d’il y a 20 ans
- Pendant mon postdoctorat au département de sciences végétales de Cambridge, j’ai développé un outil de visualisation basé sur SVG pour l’étude de la synergie des réseaux mycéliens.
- Il était conçu pour explorer les données des réseaux mycéliens cultivés dans de vrais boîtes de Pétri.
- En le relançant récemment, le code du SVG qui, à l’époque, réclamait Firefox 1.5 ou le plugin Adobe SVG fonctionne parfaitement encore sur les navigateurs modernes.
- C’est une preuve de la compatibilité à long terme et de la stabilité du format SVG.
Structure d’un SVG entièrement autonome
- Un seul fichier SVG peut assurer le chargement, le traitement, la visualisation et l’interaction des données.
- Les données peuvent être récupérées à partir d’un dépôt de versions externe ou être directement incluses dans le fichier.
- Toutes les opérations sont exécutées dans le navigateur côté client, sans logique côté serveur nécessaire.
- Il peut être déployé et partagé facilement avec un serveur web statique.
Lien avec les « quatre P » d’Anil
- Permanence (pérennité) : le SVG peut recevoir un DOI, comme un article ou un jeu de données, et le fait qu’un fichier créé il y a 20 ans fonctionne toujours en est la preuve.
- Provenance (provenance) : le SVG étant basé sur du texte, il est compatible avec les systèmes de gestion de versions comme Git, et la même stratégie de traçabilité peut être appliquée lorsqu’on utilise des données externes.
- Permission (permission) : les données et la logique de traitement étant séparées, il est possible d’appliquer au SVG le même modèle de permissions que pour des données ordinaires.
- Placement (emplacement) : le SVG a une représentation spatiale intrinsèque, et la création de visualisations de cartes du monde y est par exemple facile.
Amélioration de la puissance de calcul des navigateurs et nouvelles possibilités
- Le SVG créé il y a 20 ans n’était qu’un simple outil de visualisation, mais avec l’augmentation de la puissance de calcul des navigateurs modernes, il est désormais possible d’implémenter l’ensemble de la pipeline d’analyse de données directement dans un SVG.
- Il suffit d’opérations légères qui ne font pas tourner le ventilateur d’un ordinateur portable.
Le SVG dans l’écosystème du partage de la recherche
- Aux côtés de Jupyter Notebooks, Marimo botebooks, slipshow/x-ocaml, Forester, et de projets de notebook personnels, entre autres,
- le SVG est ajouté comme un outil qui facilite le partage et la réutilisation des résultats de recherche.
- Ces outils font partie d’efforts continus visant à construire un environnement de recherche collaboratif et reproductible.
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