iNaturalist - Communauté d’observateurs de la nature

• Une plateforme de science participative où des utilisateurs du monde entier enregistrent et partagent des êtres vivants, construisant ensemble une vaste base de données sur la biodiversité
• Les utilisateurs peuvent téléverser des photos et la localisation de plantes, d’animaux, de champignons et d’autres organismes, puis collaborer avec d’autres pour identifier les espèces et en discuter
• La plateforme compte actuellement plus de 320 millions d’observations, plus de 550 000 espèces et plus de 9,7 millions d’utilisateurs, et les données sont consultables par tous
• Les informations collectées sont partagées avec des réservoirs de données scientifiques comme le GBIF et utilisées pour la recherche sur la biodiversité
• Via l’application mobile et le web, des passionnés de nature du monde entier peuvent se connecter, et chacun peut participer et contribuer grâce à une base open source

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Communauté d’observateurs de la nature

• iNaturalist est une plateforme de science participative qui permet à des personnes du monde entier d’observer, d’enregistrer et de partager les êtres vivants dans la nature

  • Les utilisateurs peuvent enregistrer et téléverser des photos et la localisation de divers organismes, comme des plantes, des animaux ou des champignons
  • D’autres utilisateurs et des experts les identifient et participent aux discussions, formant ainsi une base de données collaborative sur les êtres vivants

Se connecter à la nature

• Les utilisateurs peuvent explorer et partager leurs observations de la nature
  • À ce jour, la plateforme recense plus de 320 millions d’observations, plus de 550 000 espèces et plus de 9,7 millions d’inscrits
  • Les données d’observation sont accessibles à tous, et il est possible de participer directement après inscription

Comment ça marche

• L’activité sur iNaturalist se déroule en trois étapes
  1. Enregistrer une observation : l’utilisateur téléverse des photos et des informations sur un organisme
  2. Partager : il partage son observation avec d’autres observateurs de la nature
  3. Discuter : ensemble, ils échangent sur l’identification de l’organisme observé et sa signification écologique

Contribuer à la science

• Toutes les données d’observation sont transformées en ressources scientifiques exploitables pour la recherche sur la biodiversité
  • Tous les relevés d’êtres vivants sont inclus, du papillon rare à la mauvaise herbe la plus commune
  • Les données sont partagées avec des réservoirs de données scientifiques comme le Global Biodiversity Information Facility (GBIF), afin que les chercheurs puissent les utiliser

La nature au bout des doigts

• Gestion des relevés

  • Les utilisateurs peuvent gérer la liste des organismes qu’ils ont rencontrés sous forme de liste de vie dans le cloud

• Production de données utiles

  • Cela aide les scientifiques et les gestionnaires des ressources à comprendre la répartition des espèces dans le temps et dans l’espace

• Identification fondée sur l’intelligence collective

  • Des experts et des membres de la communauté collaborent pour identifier les espèces

• Devenir scientifique citoyen

  • Il est possible de participer à des projets sur des thèmes d’intérêt ou d’en créer soi-même

• Apprendre de la nature

  • Les échanges avec d’autres observateurs permettent d’élargir ses connaissances et d’apprendre mutuellement

• Organiser des bioblitz

  • Il est possible d’organiser des événements d’exploration sur le terrain visant à trouver et enregistrer autant d’espèces que possible

Disponible sur tous les appareils

• iNaturalist propose des applications mobiles (Android, iOS)
  • Les observations peuvent être enregistrées même hors ligne
  • La synchronisation automatique est prise en charge lors de la reconnexion au réseau

Témoignages d’utilisateurs

• Dzivula Gube (Kenya) : explique qu’iNaturalist lui a permis d’échanger avec des personnes du monde entier et d’améliorer sa capacité d’identification des espèces et sa motivation à observer
• Chris Alice “Alie” Kratzer (États-Unis) : estime qu’iNaturalist est à l’avant-garde de la recherche en écologie et que davantage de guides de terrain exploiteront ses données à l’avenir
• Amila Sumanapala (Sri Lanka) : explique que la communauté iNaturalist a été d’une grande aide pour poser les bases de la recherche sur les insectes
• Nágyla Fachetti (Brésil) : souligne que la plateforme lui permet à la fois de photographier des espèces rares et de contribuer à la science, tout en participant à la préservation de la nature
• Carlos G. Velazco Macias (Mexique) : décrit la plateforme comme un espace qui relie les passionnés de nature du monde entier, avec ou sans diplôme

Participer et soutenir

• Tout le monde peut s’inscrire et participer immédiatement, en enregistrant et partageant ses observations
• Le site fonctionne avec un logiciel open source et propose une documentation pour les développeurs ainsi qu’une fonction de participation aux traductions
• Il est possible de soutenir le projet par des dons et la boutique
• Grâce à la prise en charge multilingue, le service est disponible dans plus de 50 langues, dont le coréen

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Réactions sur Hacker News

• L’API d’iNaturalist est vraiment un petit bijou
  On peut y accéder en lecture seule sans authentification, et CORS est activé, donc c’est parfait pour des démos ou des tutoriels
  J’ai créé il y a quelque temps avec un partenaire un site appelé Owls Near Me
  J’utilise aussi un outil de suivi des pélicans

  • J’utilise souvent iNaturalist et j’aimerais aussi m’en servir pour un projet de rewilding
    Il y a beaucoup de vues de données différentes (projets géorepérés, vues par région, etc.) et l’export est facile
    J’aime aussi le fait que des bénévoles et l’IA aident ensemble à identifier les espèces
    Au Royaume-Uni, les données Research Grade d’iNaturalist sont automatiquement intégrées à iRecord et NBNAtlas, ce qui fait un effet « 3 en 1 »
    Voir aussi cet article
    Certains utilisateurs d’iRecord mentionnent des problèmes de qualité, mais c’est probablement parce que les consignes ne sont pas bien suivies
  • J’aime aussi beaucoup l’application Seek d’iNaturalist
    Moi qui ne connaissais pas grand-chose aux plantes ni aux insectes, elle m’a permis de me connecter à la nature dans le jardin ou pendant mes promenades
    En voyage, il y a aussi le plaisir de recenser de nouveaux êtres vivants comme si on attrapait des Pokémon
  • L’API d’iNaturalist a quelques défauts, mais côté ergonomie, elle est sans équivalent
    Je maintiens le client API Python pyinaturalist, que j’utilise pour des visualisations de données, des notebooks Jupyter, des bots Discord et des workflows de recherche
  • J’ai créé un jeu appelé « Name the Beast »
    C’est un jeu où il faut deviner le nom scientifique à partir d’une photo, jouable ici
  • J’ai déjà utilisé cette appli
    Une fois, en enregistrant un chant d’oiseau, j’ai diffusé un son de perroquet et des coquilles de noix sont tombées sur ma tête
    On dirait que les animaux n’aiment pas être enregistrés

• J’adore cette appli, mais il y a un gros risque d’exposition de la vie privée
  Sur la carte, on voit souvent directement les noms d’utilisateur et les adresses personnelles
  En particulier, quand des personnes non techniciennes publient des photos observées dans leur jardin, l’emplacement de leur maison apparaît tel quel

  • Moi aussi je peux masquer les observations autour de chez moi, mais ce n’est pas le cas de tout le monde
    Si quelqu’un publie une observation dans mon jardin, d’autres utilisateurs peuvent venir sur place
    Il y a déjà eu un cas où, à cause de la découverte d’une espèce invasive, le service agricole de Californie m’a contacté et est venu récupérer un échantillon
    Pour les espèces menacées, iNat masque automatiquement la position, et fournit l’emplacement exact aux organismes qui en font la demande
  • Avant, les adresses étaient publiées dans l’annuaire téléphonique
    Chacun a une sensibilité différente à la vie privée
  • Si le nom du compte est anonyme, ce n’est peut-être pas un si gros problème
    Au fond, tout ce qu’on apprend, c’est que « quelqu’un habite à cette adresse »
  • Je publie moi aussi beaucoup d’observations autour de chez moi
    Ça ne me dérange pas que quelqu’un vienne photographier des springtails
    Je pense qu’un géotaguage précis est important
  • Je suis ingénieur chez iNat (avis non officiel)
    Nous sommes conscients du problème et nous étudions des options comme le masquage d’emplacement basé sur des géorepères ou des paramètres de confidentialité limités dans le temps
    Il est aussi important de protéger la localisation de la faune sauvage — il faut éviter que la publication de la position d’espèces sensibles leur nuise

• Je n’ai pas encore utilisé iNaturalist, mais j’aime beaucoup Merlin Bird ID et Flora Incognita
  Le second a une précision très élevée, entre 80 et 98 %, et propose aussi une API
  En revanche, la documentation manque un peu
  Avec Merlin, quand on essaie d’enregistrer le chant des oiseaux, ils ont soudain tendance à s’arrêter de chanter

  • Merlin, eBird, Rock Identifier et iNaturalist sont parmi les meilleures applis à utiliser dans la nature

• Merlin Bird ID est aussi une appli de la même catégorie
  Elle analyse les chants d’oiseaux autour de vous pour identifier les espèces

  • Découvrir comment Merlin a été développé a changé ma vision du développement logiciel
    J’en ai parlé dans ce billet de blog
  • Il existe aussi une autre appli créée par Cornell, Birdnet
    birdnet.cornell.edu
  • Merlin est très bien pour identifier les oiseaux, mais le processus pour publier des observations dans la communauté est complexe et peu clair
    L’envoi est plus difficile qu’avec Seek ou iNaturalist
  • Si vous aimez les oiseaux, je recommande aussi le documentaire « Listers »
    Lien YouTube
  • C’est vraiment une appli indispensable
    Elle est excellente en précision comme en simplicité d’usage

• Vers 2020, cette appli a été une véritable bouée mentale pour moi
  Noter les espèces locales et en parler avec d’autres m’a apporté une grande satisfaction
  L’interface est simple et la communauté bienveillante

  • Pendant la pandémie, cette appli a aussi eu sur moi un effet existentiel transformateur
    En me promenant à Seattle, j’ai réalisé que je ne connaissais absolument pas les plantes autour de moi
    Ensuite, j’ai appris tous les jours à identifier des plantes, et maintenant je peux distinguer les plantes comestibles, les plantes toxiques et les périodes de floraison
    Grâce à son climat doux, Seattle est une ville qui ressemble à un immense musée botanique, où presque tous les arbres poussent

• Ce site a été très utile pour suivre la propagation de la mouche lanternfly, une espèce invasive
  Plus il y a d’observations, plus c’est utile pour la gestion des écosystèmes
  À l’inverse, cela aide aussi à détecter tôt le déclin d’espèces bénéfiques

• À noter aussi qu’en Australie, la suspecte Erin Patterson dans l’affaire du meurtre aux champignons vénéneux aurait utilisé iNaturalist pour trouver des champignons toxiques
  Articles liés : ABC News, Sydney University

• Je suis impressionné par la rapidité et la fluidité du rendu cartographique d’iNaturalist
  Ils affichent des millions de points, ce qui aurait été impossible avec leaflet
  J’aimerais créer une carte avec des performances comparables, donc je serais preneur d’un billet technique ou de conseils

  • L’astuce, c’est que les points sont rendus côté serveur en tuiles PNG basées sur Elasticsearch
    Le code source correspondant est visible sur GitHub
  • Cela vaut le coup de regarder PMTiles et tippecanoe
    On peut aussi générer des tuiles côté serveur avec la fonction asMVT de PostGIS ou avec Martin
    Pour le rendu côté client, deck.gl ou lonboard sont utiles

• J’ai créé un plugin trmnl basé sur l’API iNaturalist
  Lien GitHub
  Il affiche en temps réel les êtres vivants nouvellement observés à proximité

• Je publie souvent sur iNaturalist
  Cela m’a beaucoup aidé à apprendre l’écologie locale
  J’aimerais créer une appli qui identifie automatiquement des centaines de photos de fleurs sauvages grâce à l’API

  • Bonne nouvelle ! Je suis écologue de la pollinisation et chercheur en ML, et je prépare un modèle ouvert qui sortira bientôt
    Voir polli-labs/linnaeus
    J’y applique un apprentissage exploitant la hiérarchie taxonomique ainsi qu’un RL fondé sur le consensus d’experts
    Je manque de ressources de calcul, mais je prévois de publier début mai un modèle pour les insectes et les plantes
    Je travaille sur un projet d’automatisation de systèmes de suivi écologique, avec une démo pour le Texas qui devrait être publiée bientôt
    Si cela vous intéresse ou si vous pouvez aider avec des ressources de calcul, contactez-moi
  • Il y a aussi la Pl@ntNet Identify API
    Je l’utilise parfois et elle est plutôt utile
  • J’aurais aimé essayer quelque chose de similaire moi aussi, mais le modèle CV d’iNaturalist est privé, donc il n’est pas accessible via l’API