Craig Venter est décédé

• J. Craig Venter, Ph.D., est décédé à San Diego le 29 avril 2026 à l’âge de 79 ans, après une courte hospitalisation consécutive à des complications imprévues survenues pendant le traitement d’un cancer récemment diagnostiqué
• En tant que fondateur, président du conseil d’administration et directeur général du J. Craig Venter Institute, Venter a contribué à définir la génomique moderne et à lancer la biologie synthétique
• Aux National Institutes of Health, il a été un pionnier de la découverte de gènes fondée sur les expressed sequence tags (ESTs), et a dirigé la publication de la première séquence brouillon du génome humain ainsi que du premier génome humain diploïde de haute qualité
• Venter et son équipe ont construit la première cellule bactérienne autoréplicative contrôlée par un génome synthétisé chimiquement, démontrant qu’un génome pouvait être conçu numériquement puis amorcé pour faire fonctionner une cellule vivante
• Avec la Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition, il a exploré la diversité microbienne marine et déclaré avoir découvert des millions de nouveaux gènes ; il a aussi cofondé Synthetic Genomics, Human Longevity et Diploid Genomics

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Décès et annonce de l’institut

• J. Craig Venter, Ph.D., est décédé à San Diego le 29 avril 2026 à l’âge de 79 ans
• La cause du décès est liée à des complications imprévues survenues pendant le traitement d’un cancer récemment diagnostiqué, après une courte hospitalisation
• Venter était le fondateur, président du conseil d’administration et directeur général du J. Craig Venter Institute
• Anders Dale, président du JCVI, a déclaré que Venter pensait que la science avançait en pensant différemment, en agissant avec détermination et en construisant ce qui n’existait pas encore
• Le JCVI a indiqué qu’il poursuivrait une large coopération pour faire progresser la science génomique, défendre l’investissement public qui rend les découvertes possibles et transformer les connaissances en impact concret

Rôle dans la génomique et la biologie synthétique

• Les travaux de Venter ont contribué à définir la génomique moderne et ont aussi influencé l’émergence de la biologie synthétique
• Il a mis sur pied des équipes interdisciplinaires, poussé des idées audacieuses et des méthodes plus rapides, et souligné le principe selon lequel les découvertes doivent déboucher sur un impact réel
• Il a soutenu des budgets scientifiques fédéraux solides ainsi que la coopération entre gouvernement, universités et industrie pour accélérer les avancées
• Tout au long de sa carrière, il a contribué à faire passer la génomique d’une découverte lente gène par gène à une science fondée sur les données et capable de changer d’échelle
• Il a ensuite étendu ses recherches jusqu’à démontrer que les génomes pouvaient être conçus et construits

Principales réalisations scientifiques

• Découverte de gènes grâce aux EST

  • Aux National Institutes of Health, il a contribué à ouvrir la voie à la découverte de gènes à l’aide des expressed sequence tags (ESTs)
  • L’approche par EST a permis d’identifier rapidement un grand nombre de gènes humains et d’accélérer les efforts de cartographie du génome

• Première séquence brouillon du génome humain et génome diploïde

  • Il a dirigé les travaux ayant produit la première séquence brouillon du génome humain, marquant l’entrée de la biologie dans l’ère numérique
  • Par la suite, avec ses collègues, il a publié le premier génome humain diploïde de haute qualité
  • Cette avancée a mis en évidence l’importance de capter les variations génétiques héritées des deux parents

• Cellule pilotée par un génome synthétique

  • Venter et son équipe ont construit la première cellule bactérienne autoréplicative contrôlée par un génome synthétisé chimiquement
  • Cette réalisation a montré qu’un génome pouvait être conçu numériquement, fabriqué à partir de composants chimiques, puis « démarré » pour faire fonctionner une cellule vivante

• Étude de la diversité microbienne marine

  • Grâce à la Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition, il a exploré à grande échelle la diversité microbienne marine via la métagénomique
  • Il a déclaré avoir découvert des millions de nouveaux gènes et élargi l’éventail des familles de protéines connues
  • Ces travaux ont approfondi la compréhension du microbiome marin et de son rôle dans les systèmes planétaires

Construction d’institutions et d’entreprises

• Venter a aussi été un bâtisseur de équipes, de plateformes et d’institutions conçues pour relever de grands défis scientifiques
• Il a fondé le J. Craig Venter Institute et établi une base institutionnelle pour la recherche en génomique et en biologie synthétique
• En tant qu’entrepreneur en série, il a cofondé Synthetic Genomics, Inc., Human Longevity, Inc. et Diploid Genomics, Inc.
• Ces activités entrepreneuriales ont prolongé ses efforts pour faire de la génomique et de la biologie synthétique des outils au service de la santé et de la société

Présentation du JCVI et suite de la procédure

• Le JCVI est un institut de recherche à but non lucratif situé à Rockville, Maryland, et à La Jolla, Californie
• Le JCVI se concentre sur les progrès de la génomique, la compréhension de ses implications sociétales et la transmission des résultats de recherche à la communauté scientifique, au grand public et aux décideurs
• Environ 120 scientifiques et collaborateurs y travaillent dans les domaines de la biologie synthétique, de la biologie humaine et évolutive, de la génétique, de la bioinformatique/informatique, des technologies de l’information, du séquençage ADN à haut débit, de la recherche sur les politiques génomiques et environnementales, ainsi que de l’éducation du public à la science et aux politiques scientifiques
• Le JCVI est une organisation 501(c)(3)
• L’institut a demandé le respect de la vie privée de la famille Venter et a indiqué que des informations supplémentaires concernant les hommages seraient partagées lorsque cela serait possible

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Commentaires sur Hacker News

• J’ai déjà couru avec lui sur son bateau. Une fois, pendant un empannage, il est passé par-dessus bord et l’écoute de grand-voile s’est enroulée autour de son torse
  Il était entraîné sous l’eau mais arrivait malgré tout à s’accrocher au bastingage, et j’ai pu l’attraper par une boucle de sa combinaison étanche pour le hisser de nouveau à bord
  C’était un personnage fascinant, il avait servi comme infirmier militaire pendant la guerre du Vietnam, et son ancien bateau, le Sorcerer II, a servi de plateforme à la Global Ocean Sampling Expedition de 2003 à 2010, qui a permis de découvrir des millions de nouveaux gènes microbiens marins
  Il s’est fait beaucoup d’amis et pas mal d’ennemis aussi, mais il semble avoir vécu une vie pleinement humaine sur Terre, à sa manière étrange et merveilleuse

  • Seulement 79 ans, c’est trop court pour parler d’une expérience humaine complète. C’est particulièrement triste que les personnes les plus brillantes aient si peu de temps ici

• Quand j’étais enfant, j’ai vu son interview dans 60 Minutes. Il racontait avoir renoncé à son rêve de devenir nageur olympique, abandonné l’université, puis servi comme infirmier militaire au Vietnam, et avoir tenté de se suicider en sautant d’un navire de la marine, mais avoir survécu grâce à sa condition physique presque olympique
  Plus tard, je l’ai vu en personne à Cornell University donner une conférence sur le génome humain avec son vieil ami, le généticien Andy Clark ; il était grand, imposant, et chauve
  Quelques années plus tard, j’ai déménagé à San Diego et je me suis mis au surf, et en parcourant un site de surf, je suis tombé sur Craig Venter dans une publicité pour une montre de luxe. Il faisait du yachting en mer en portant une Jaeger-LeCoultre qui coûtait probablement plus que mon allocation de doctorant à l’époque
  Quelques années après, j’ai passé un entretien dans l’une de ses entreprises, Synthetic Genomics, et l’équipe de bioinformatique avait l’air débordée parce que la société changeait trop souvent de direction. Elle était passée des biocarburants à l’ingénierie génétique de porcs pour produire des reins transplantables chez l’humain, et quelques années plus tard, cette idée a effectivement commencé à fonctionner
  Au final, Venter et ses réalisations ont servi de toile de fond à toute ma carrière d’adulte, dans la biologie, la génétique, la bioinformatique et le machine learning. Pour transformer une grande science en réalité, il faut parfois une personnalité écrasante

  • De belles histoires. Je lui ai posé des questions sur le virage vers les porcs après l’abandon des biocarburants. Il me semble qu’il avait levé 150 millions de dollars auprès d’Exxon
    Si je me souviens bien, il collaborait avec le fondateur tristement célèbre de SiriusXM et de United Therapeutics, Martin, aujourd’hui Martine Rothblatt

• Ironiquement, il a consacré les dernières années de sa vie à la prolongation de la durée de vie[1], et vendait des consultations de « médecine proactive » à 25 000 dollars à ceux qui pouvaient se le permettre[2]
  1 : le site de l’entreprise, humanlongevity dot com, semble compromis et pousse à installer un cheval de Troie sous prétexte de « captcha ». Je mets donc la page Wikipedia à la place : https://en.wikipedia.org/wiki/Human_Longevity
  2 : https://fortune.com/2017/02/21/craig-venter-human-longevity/

  • Il avait un cancer, et il semble que quelque chose lié au traitement ait été la cause du décès

• Craig Venter est connu pour son implication dans le Human Genome Project. Il a annoncé la première ébauche du génome humain aux côtés du président Clinton et de Francis Collins

  • Par « implication », il faut plutôt entendre qu’il a pris les données publiques, y a ajouté une petite quantité de données produites en privé, puis a tenté d’obtenir le premier assemblage
    Les scientifiques du Human Genome Project pensaient qu’il voulait verrouiller l’ensemble sous brevet et obliger les autres à payer. À l’époque, on ne savait pas clairement ce qui était brevetable ou non
    Son rôle a donc surtout été de pousser le projet public à entrer dans la course à l’assemblage du génome, ce qui représentait un énorme problème computationnel que le camp public n’avait pas entièrement planifié
    https://archive.is/2022.02.14-091753/https://www.nytimes.com...
  • On pourrait presque dire qu’il était lui-même le Human Genome Project. Si je me souviens bien, il avait fait en sorte que l’un des échantillons soit le sien

• C’était un entrepreneur et inventeur assez choquant, dans le bon sens du terme, dans un domaine dominé par des scientifiques très prudents
  Bien sûr, ces scientifiques étaient excellents eux aussi, mais il semble peu probable que le génome aurait été séquencé dans les 10 à 20 années suivantes au moment où lui l’a fait. Culturellement, c’était comme lancer un Apollo Project dans un domaine qui ressemblait davantage à la NASA des années 1980

  • Si j’ai bien compris, Hamilton Smith était celui qui insistait sur le fait que le shotgun sequencing fonctionnerait
    Du côté du NIH, ils s’accrochaient au primer walking jusqu’à ce que Celera assemble le génome trop rapidement, après quoi le NIH a dû lui aussi adopter l’approche shotgun
  • J’ai fait une licence de biologie, et l’un de mes professeurs a participé à tout cela. Il affirmait avec force que le Human Genome Project s’était terminé avant Celera, et que l’approche shotgun de l’équipe de Venter dépendait fondamentalement des données de référence publiées par le HGP pour fonctionner

• Mes condoléances pour Craig Venter
  Je me souviens avoir entendu parler du Human Genome Project en CM2. À l’époque, cela était présenté comme une tentative radicale
  Et maintenant, 30 ans plus tard, regardez le chemin parcouru. J’ai lu il y a quelques jours à propos de la fuite de UK Biobank (https://news.ycombinator.com/item?id=47875843), qui disait qu’un nombre significatif de génomes humains complets avait fuité. Cela m’a rappelé à quel point les gens voyaient Craig Venter comme quelqu’un d’extraordinairement en avance sur son temps

• Triste nouvelle. J’ai probablement rencontré Craig très brièvement lors d’une conférence il y a une dizaine d’années
  À l’époque, j’apprenais pratiquement la génétique en autodidacte et je n’étais évidemment pas du niveau de Craig, mais il s’est montré très engagé dans la conversation et a pris le temps de parler avec attention

• C’était un égocentrique de niveau mondial, voire cosmique, et il a publié la première séquence complète d’un génome humain diploïde. C’était son propre ADN
  Il ne s’est pas arrêté au fait d’annoncer cet accomplissement à un public humain. Il a déclaré : « Depuis que mon génome a été séquencé, mon logiciel a été transmis dans l’espace sous forme d’ondes électromagnétiques, emportant mon code génétique bien au-delà de la Terre »

• Il y a une citation intéressante de lui
  «
  SPIEGEL : Donc vous ne considérez pas Collins comme un véritable scientifique ?
  Venter : Disons simplement un administrateur gouvernemental
  »
  https://www.science.org/content/blog-post/craig-venter-venti...

• J’étais stagiaire en biologie moléculaire quand la séquence du génome complet a été publiée. Il y avait un thermocycleur au laboratoire, et il fallait réserver son créneau d’utilisation sur un planning papier
  Je me souviens d’une photo de lui debout devant des rangées entières de thermocycleurs empilés sur plusieurs racks. Il m’a appris quelque chose sur l’échelle, et a montré qu’il vaut parfois la peine de regarder ce que l’on a et de se demander : « et si on multipliait ça par 200 ? »
  En logiciel, cela peut sembler évident si l’on pense à des baies de GPU, mais pour quelqu’un habitué aux laboratoires humides et aux plannings papier pour réserver des instruments, c’est une autre histoire. Je me demande si, en sciences de la vie aussi, on ne pourrait pas débloquer davantage de percées en recourant parfois à une montée en charge brute

  • Je suis statisticien et ma femme travaille en biologie fondamentale. Chaque fois qu’elle me demande conseil sur une expérience, j’ai presque toujours envie de lui dire de multiplier la taille de l’échantillon par 10
    Mais dans le monde académique, il existe des idées très arrêtées sur la taille qu’un échantillon est censé avoir, et dès qu’on essaie d’aller vers quelque chose de radicalement plus grand, on se heurte à toutes sortes d’obstacles, de l’éthique de l’expérimentation animale jusqu’au financement
    Au bout du compte, il y a une limite à ce qu’on peut apprendre avec un échantillon de 12. Je ne sais pas si gaspiller plusieurs études sur des souris avec 12 sujets qui n’apprennent rien est vraiment plus éthique que d’en utiliser 100 et d’obtenir une puissance statistique suffisante pour identifier autre chose que les tailles d’effet les plus énormes
  • Je travaille dans l’automatisation des laboratoires, et on a vraiment parcouru un long chemin depuis les plannings papier. Cela dit, on en utilise encore pas mal :)