Le président de Stanford démissionne après une controverse sur des manipulations de recherche… au moins 3 articles rétractés
(stanforddaily.com)- Le président de Stanford, Marc Tessier-Lavigne, démissionnera le 31 août à la suite d’une enquête sur des manipulations de données de recherche et de mauvaises pratiques scientifiques ; 5 articles dont il est l’auteur principal feront aussi l’objet d’une rétractation ou de corrections majeures
- Le rapport d’enquête estime qu’il y a eu des occasions de corriger le dossier scientifique en 2001, au début des années 2010, en 2015-2016 et en mars 2021, mais que la correction du dossier scientifique n’a pas été menée de manière suffisante
- Aucune preuve n’indique que Tessier-Lavigne ait lui-même manipulé des données ou qu’il ait eu connaissance des manipulations à l’époque, mais des manipulations répétées de données ou des pratiques inférieures aux standards ont été constatées dans son laboratoire et dans plusieurs institutions
- L’étude de 2009 sur Alzheimer a été jugée fondée sur une conclusion centrale erronée et d’une qualité scientifique inférieure aux pratiques acceptables, renforçant la nécessité d’une rétractation ou d’une correction globale
- La rétractation d’articles est une mesure rare, de l’ordre de 4 articles sur 10 000 ; comme des problèmes touchent plusieurs articles du même scientifique en tant qu’auteur principal, la gestion du laboratoire et les méthodes d’enquête institutionnelles restent sous pression
Démission et mesures concernant les articles
- Le président de Stanford, Marc Tessier-Lavigne, démissionnera à compter du 31 août
- Jerry Yang, président du Board of Trustees de Stanford, a déclaré que le rapport et ses conséquences avaient affecté la capacité de Tessier-Lavigne à exercer son leadership
- L’ancien doyen des Humanities, Richard Saller, assurera l’intérim de la présidence
- 5 articles largement cités dont il est l’auteur principal feront l’objet d’une rétractation ou de longues corrections
- Le titre et le corps de l’article mentionnent la rétractation d’au moins 3 articles
- Le texte indique qu’au moins 5 articles devraient être rétractés ou fortement corrigés
- Dans une déclaration séparée, Tessier-Lavigne a défendu sa réputation tout en reconnaissant que Stanford avait besoin d’un dirigeant dont l’exercice de la présidence ne soit pas entravé par les discussions autour de ces problèmes de recherche
Principales conclusions du rapport d’enquête de Stanford
- Le rapport de Stanford identifie plusieurs manipulations apparentes dans les travaux de neurosciences de Tessier-Lavigne
- Il estime qu’il y a eu plusieurs moments où le dossier scientifique aurait pu être corrigé, sans que cela débouche sur des mesures suffisantes
- 2001
- Début des années 2010
- 2015-2016
- Mars 2021
- Le rapport conclut que les manipulations de résultats de recherche s’étendaient à des laboratoires de 3 institutions placés sous la responsabilité de Tessier-Lavigne
- La culture du laboratoire est également pointée du doigt
- Une tendance à récompenser comme “winners” les postdocs capables de produire des résultats favorables
- Une tendance à marginaliser ou à minimiser comme “losers” les postdocs qui ne produisaient pas ce type de données ou rencontraient des difficultés
Étendue de la responsabilité personnelle de Tessier-Lavigne
- Le rapport conclut qu’aucune preuve n’indique que Tessier-Lavigne ait lui-même manipulé des données dans les articles examinés
- Il estime également qu’aucune preuve ne montre qu’il avait connaissance des manipulations de données à l’époque
- En revanche, il considère qu’il n’a pas fourni d’explication suffisante sur les raisons pour lesquelles il n’a pas corrigé le dossier scientifique, malgré plusieurs occasions de le faire
- Tessier-Lavigne a déclaré être satisfait que le comité ait conclu qu’il n’avait ni manipulé ni falsifié de données scientifiques
- Il a toutefois indiqué accepter la conclusion selon laquelle il aurait dû mieux faire dans certains domaines
Pourquoi les rétractations sont rares et le poids de cette décision
- La rétractation d’articles est une mesure particulièrement rare pour un scientifique comme Tessier-Lavigne
- Selon la Retraction Database, les articles rétractés représentent environ 4 articles sur 10 000
- Selon les lignes directrices du Committee on Publication Ethics, une rétractation est utilisée lorsqu’il existe des preuves claires que les résultats d’une recherche ne sont pas fiables
- À l’automne 2022, Tessier-Lavigne avait affirmé à plusieurs reprises que les problèmes touchant ses travaux n’affectaient pas les données, les résultats ni l’interprétation des articles
- L’enquête de Stanford considère comme une fréquence inhabituelle le fait que plusieurs articles du même scientifique en tant qu’auteur principal présentent des problèmes relevant d’une rétractation
L’étude de 2009 sur Alzheimer et les points de controverse chez Genentech
- Les soupçons de fraude entourant une importante étude de 2009 sur Alzheimer ont également été examinés
- Cette étude affirmait avoir identifié la cause de la neurodégénérescence chez les patients atteints d’Alzheimer
- Richard Scheller, ancien dirigeant de Genentech, l’avait publiquement qualifiée de “découverte sur Alzheimer la plus importante de ces 20 dernières années, peut-être de toute l’histoire”
- Le rapport estime que la conclusion centrale de l’article était erronée
- Il juge que la qualité des travaux du laboratoire de Tessier-Lavigne n’atteignait pas le niveau des pratiques scientifiques acceptables
- Dans le même temps, il estime que le récit de fraude rapporté par certains médias a pu confondre plusieurs événements
- Il évoque une possible confusion avec une affaire de fraude distincte survenue en 2010
- Dans l’affaire de 2010, des membres du laboratoire auraient signalé leurs soupçons à propos d’un collègue, ce qui aurait mené au licenciement d’un postdoc et au retrait d’un manuscrit déjà soumis
- De potentiels témoins, dont de hauts dirigeants et scientifiques de Genentech, ont affirmé dans de précédents reportages qu’il y avait aussi eu fraude dans l’article de 2009 et que Tessier-Lavigne avait appris en 2011 l’échec de la reproduction des résultats et le constat de leur invalidité
- Tessier-Lavigne conteste cette version
- Genentech conteste également la description des événements donnée par ces dirigeants et scientifiques
Déroulement de l’enquête et question de l’anonymat des témoins
- Le comité spécial du Board of Trustees de Stanford a confié l’enquête à Mark Filip, ancien Deputy Attorney General des États-Unis
- Le panel scientifique comprenait Randy Schekman, lauréat du Nobel, Shirley Tilghman, ancienne présidente de Princeton, Steve Hyman, ancien provost de Harvard, ainsi que deux membres des National Academies
- L’enquête a duré 8 mois
- L’un des membres du comité s’est retiré après la révélation du maintien d’un investissement de 18 millions de dollars dans une biotech cofondée par Tessier-Lavigne
- Certains témoins liés aux soupçons de fraude de l’époque Genentech ont refusé de coopérer, l’équipe d’enquête ne leur garantissant pas l’anonymat
- Ils étaient liés par des accords de confidentialité
- Jeffrey Flier, qui a dirigé plusieurs enquêtes sur des manquements à l’intégrité scientifique lorsqu’il était doyen de la Harvard Medical School, estime qu’il est très inhabituel de ne pas garantir l’anonymat dans une enquête importante de ce type, et que cela peut empêcher l’accès à des témoins clés
Exemples passés d’échecs de correction d’articles
- Un article paru dans Science en 2001 est considéré comme contenant une image manipulée
- Quelques semaines après la publication, un collègue a signalé une erreur
- Tessier-Lavigne a répondu par écrit qu’il contacterait la revue et tenterait de publier une correction, mais il n’a en réalité pas contacté la revue et n’a pas tenté de publier d’erratum
- Des corrections non publiées de 2 articles de Science n’ont fait l’objet d’aucun suivi pendant 7 ans
- Il est estimé que Tessier-Lavigne n’a pas expliqué de manière suffisante pourquoi aucun suivi n’avait été effectué
- À ce jour, le dossier scientifique n’a toujours pas été corrigé
- Concernant des données de recherche manipulées dans un article de Nature de 2004, les explications fournies par Tessier-Lavigne aux éditeurs n’ont pas répondu de manière suffisante aux inquiétudes publiquement soulevées ni à l’étendue des preuves forensiques
- Par la suite, Tessier-Lavigne a reconnu l’existence d’une manipulation des données de recherche
- Le panel a conclu qu’une correction de cet article était nécessaire et appropriée, et Tessier-Lavigne a accepté cette correction
Possibilité d’enquêtes supplémentaires
- Filip, qui a dirigé l’enquête, a déclaré que des enquêtes supplémentaires pourraient suivre le rapport remis au conseil d’administration
- Les scientifiques seniors du comité n’ont pas répondu aux questions sur le travail d’enquête ni sur la décision de ne pas garantir l’anonymat
1 commentaires
Avis sur Hacker News
Le journal géré par des étudiants a révélé cette affaire en premier et l’a suivie avec ténacité
Article indiquant que les recherches du président de Stanford faisaient l’objet d’une enquête pour faute scientifique et que l’université a reconnu des « erreurs » : https://stanforddaily.com/2022/11/29/stanford-presidents-res...
Article indiquant que le président de Stanford a esquivé les questions sur la faute scientifique : https://stanforddaily.com/2023/04/25/stanford-president-dodg...
Article indiquant que des collègues ont affirmé qu’un examen interne avait trouvé des « données falsifiées » dans les recherches sur Alzheimer du président de Stanford : https://stanforddaily.com/2023/02/17/internal-review-found-f...
Le journaliste Theo Baker est en première année : https://stanforddaily.com/author/tabaker/
Cela va du cherry-picking des résultats jusqu’à la manipulation flagrante de données, et des amis qui étudient à Auckland University en Nouvelle-Zélande disent que là aussi, des résultats gênants sont ignorés. C’est répugnant, et il faut en faire un exemple
Ses parents seraient Peter Baker, correspondant en chef à la Maison-Blanche pour le NYT, et Susan Glasser, autrice au New Yorker. Une histoire assurément intéressante
C’est peut-être une analogie un peu forcée, mais ce qu’on voit ici ressemble aux scandales de dopage qui ont autrefois fait tomber Lance Armstrong et de nombreux autres coureurs
Sur certaines éditions du Tour de France, on a découvert plus tard que la majorité des participants s’étaient dopés, ce qui signifie qu’à ce niveau de compétition, il était impossible de battre des adversaires avantagés par le dopage sans tricher soi-même. Le cyclisme est donc devenu non seulement une compétition sportive, mais aussi une course entre le dopage et l’évitement des contrôles, et il a fallu des années pour que les mesures antidopage deviennent suffisamment efficaces
La recherche académique aussi est devenue, depuis des décennies, un domaine extrêmement compétitif avec des enjeux énormes. Il y a plus de candidats que de postes, de financements et de chaires, et si seulement 25 % des candidats retouchent leurs données pour produire des résultats plus intéressants, près de la moitié du domaine peut se retrouver infestée de fraude. Plus on se rapproche du sommet, plus la probabilité de « dopage » augmente
Comme j’habite à Austin, je me souviens de l’époque où presque tous les rivaux de Lance Armstrong étaient confondus, mais pas encore lui. Je disais alors : « dans ce cas, lui aussi s’est dopé ». On ne peut pas gagner le Tour de France sept années de suite contre des dopés tout en restant clean ; soit le dopage n’avait aucun effet, soit lui aussi se dopait. Et en effet, il n’était pas clean
Dans une perspective positiviste, il est relativement facile de prouver qu’une discipline comme les mathématiques dit vrai, mais plus on va vers les sciences humaines, plus cela devient difficile et plus la concurrence s’intensifie
Une vérité forte est plus attractive pour les clients qu’une vérité faible, ce qui crée une incitation à partir d’une conclusion puis à remonter le raisonnement à l’envers, en piratant les critères reconnus de la quête de connaissance. On construit un récit à partir des éléments de preuve utiles
Cela devient alors de la « science », ou au moins « il existe des recherches », ce qui sert à la fois des clients qui veulent influencer les politiques publiques — ONG, revues académiques, militants, lobbyistes, médias —, des universités qui y gagnent argent, réputation et statut, et des chercheurs qui y gagnent titularisation, contrats de livre et cachets de conférence. Ce n’est pas un complot, juste le résultat d’incitations
Celui qui cherche à établir ce qui n’est pas vrai, ou qui produit une vérité qui n’est pas immédiatement utile au client, devra chercher un nouvel emploi si les financements s’arrêtent
C’est courant, et tant que cela n’affecte pas les dons, l’administration ne s’en soucie pas
Même sur le Tour de France 1904, 9 coureurs ont été disqualifiés pour des motifs comme l’usage illégal de voitures ou de trains, mais 27 ont terminé l’épreuve. Le Tour de France moderne fait partir jusqu’à plus de 180 coureurs, et il n’y a jamais eu de cas avec plus de 100 disqualifications pour dopage
https://en.wikipedia.org/wiki/1904_Tour_de_France#Disqualifi...
En tant que scientifique, je n’ai jamais fait cela, et aucun de mes coauteurs ne m’a jamais fait une telle proposition. J’ai vu d’autres fraudes, comme les auteurs fantômes, mais jamais de manipulation des résultats. Bien sûr, si j’étais moi-même un fraudeur, je dirais exactement la même chose
Plus généralement, le « dopage » en science n’est pas aussi simple que dans le cyclisme. Dans le cyclisme, si l’on n’est pas pris et qu’on n’a pas de scrupules, le dopage augmente directement la puissance et procure un avantage immédiat
En science, il faut d’abord une idée originale et prometteuse, puis faire des expériences pour voir si cette idée fonctionne. Ce type de « dopage » n’aide vraiment que ceux qui trouvent de bonnes idées mais dont les idées échouent souvent à l’expérimentation. Dans mon domaine, c’est possible, mais ce n’est pas la situation la plus fréquente, et dans d’autres cas, falsifier les résultats n’apporte pas un grand bénéfice
Il existe énormément de substances améliorant les performances, ainsi qu’une industrie clandestine qui les développe et les produit. Une interdiction générale couvrant les substances non approuvées les rend bien interdites en théorie, mais en pratique beaucoup échappent aux tests faute de procédure de dépistage ciblée
En outre, de nombreuses substances dopantes sont biologiquement identiques à des substances naturellement produites par le corps. Par exemple, pour la testostérone bio-identique, il faut contrôler le ratio de certains métabolites, avec une marge de tolérance pour éviter les faux positifs. En pratique, cela signifie que n’importe quel athlète peut faire une cure de stéroïdes tant qu’il ne pousse sa testostérone que jusqu’au niveau d’une valeur génétiquement exceptionnelle mais plausible
Il existe aussi les AUT (autorisations d’usage à des fins thérapeutiques), qui permettent l’usage médical légal de substances interdites. Le traitement de substitution à la testostérone est un usage thérapeutique légal des stéroïdes, et dans certains sports, on sait que cet usage est détourné
Les contrôles antidopage sont beaucoup moins précis que beaucoup ne le pensent, et un athlète déterminé peut toujours passer entre les mailles du filet dans une certaine mesure, quelle que soit l’intensité des contrôles. Les athlètes qui approchent ou dépassent la quarantaine tout en conservant une condition physique équivalente, voire supérieure, à celle du début de la vingtaine méritent de sérieux soupçons
PDF du rapport complet publié par le « comité spécial » de Stanford : https://boardoftrustees.stanford.edu/wp-content/uploads/site...
Pour en citer des extraits : « il y a eu, à plusieurs reprises, des manipulations de données de recherche et/ou des pratiques scientifiques de niveau insuffisant, commises par plusieurs personnes dans les laboratoires dirigés par le Dr Tessier-Lavigne au sein de différentes institutions » ; « lorsque des préoccupations ont été soulevées au sujet d’articles à différents moments — en 2001, au début des années 2010, en 2015-16 et en mars 2021 notamment — le Dr Tessier-Lavigne n’a pas corrigé avec fermeté et franchise les erreurs du dossier scientifique » ; « la même culture de laboratoire tendait aussi à récompenser les “gagnants”, c’est-à-dire les postdoctorants capables de produire des résultats favorables, tout en marginalisant ou en rabaissant les “perdants” qui n’y parvenaient pas ou rencontraient des difficultés »
Même si le comité spécial de Stanford avait toutes les raisons de protéger Tessier-Lavigne et de limiter les dégâts, ses conclusions sont assez accablantes. Theo Baker a bien fait de continuer à proposer une lecture plus critique que les formulations politiques et confortables du rapport
Au final, l’euphémisme « manquait de vigueur » veut dire « n’était pas scientifique » ; donc si ce n’était ni « intentionnel » ni « connu », alors personne ne peut être tenu responsable ? Suis-je le seul à penser qu’il importe peu de savoir si la mauvaise science était intentionnelle ou frauduleuse ? Les personnes impliquées devraient être jugées non pas sur une moralité commodément indécidable, comme si tout le monde avait soudain perdu la mémoire, mais sur la science elle-même, qui est objectivement bancale
Je suis peut-être trop harsh, mais les comportements douteux en santé publique me mettent vraiment hors de moi
[0] https://www.google.com/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&c...
J’ai lu quelques-uns des articles contenant des données dupliquées, et ce type de duplication peut aussi s’expliquer comme une « erreur honnête » proche d’une coquille, par exemple des noms de fichiers trop similaires. Même sans parler de fraude, le fait que MTL soit passé à côté relève de la négligence
Les problèmes du monde universitaire sont bien plus vastes et graves que ce que les gens imaginent. Cela dit, c’est déjà une bonne chose que ce genre d’affaires commence à émerger peu à peu
Si c’est plus vaste, c’est parce que la recherche frauduleuse n’est qu’une des nombreuses mauvaises actions commises par des personnes sans éthique pour obtenir et conserver leur poste. La maltraitance académique envers les étudiants est aussi un immense problème qui doit absolument être traité. Il y a beaucoup de comportements relevant clairement de l’extorsion, des abus sexuels et d’autres crimes, et presque personne n’en parle
C’est plus grave encore parce que beaucoup voient cela comme quelques pommes pourries, alors qu’en réalité de nombreuses grandes institutions académiques fonctionnent pratiquement de cette manière. Si je devais estimer le nombre de « pommes pourries », j’irais jusqu’à dire 7 personnes sur 10 dans le milieu universitaire
J’aime la science et j’y travaille depuis environ 15 ans, donc je m’exprime très fortement sur ce sujet. Il faut assécher ce marécage
C’est parce qu’elles ne peuvent pas se permettre de recaler trop d’étudiants par rapport aux autres établissements, sinon leurs finances ou leur réputation en souffriraient
Professeurs, chargés de cours, doctorants — tous ceux qui participent à l’enseignement sont complices de cette fraude. Un tel état généralisé montre un manque total d’intégrité dans l’institution concernée. Si l’on est prêt à mentir et tricher même dans le système qui est censé accorder les qualifications minimales pour entrer dans les cercles supérieurs du monde universitaire, alors il est prudent de supposer qu’on ment et qu’on triche aussi de bien d’autres façons dans la tour d’ivoire
Je me demande si tu parles de membres d’équipe intouchables parce qu’ils sont des génies excentriques ou des creep, trop importants, trop bien connectés, ou simplement trop pénibles à confronter
Le pire cas dont j’ai personnellement entendu parler, c’était un enseignant qui brutalisait son équipe de démo et ses étudiants ; il enseignait pourtant très bien. Peut-être que d’autres cachent simplement mieux leur jeu
J’ai aussi entendu dire que ça pouvait fonctionner dans l’autre sens, mais je doute que ce soit appliqué de manière uniforme. Dans le milieu universitaire, il arrive qu’on soit licencié de façon arbitraire pour des choses minimes
Le rôle d’Elisabeth Bik(@microbiomdigest) est sous-estimé ici
Elle traque avec acharnement depuis des années les images retouchées sous Photoshop dans les articles de recherche publiés, y compris ceux liés à cette affaire
Plus inquiétant encore, d’autres allégations n’ont pas été incluses parce qu’il n’a pas été possible de garantir l’anonymat des lanceurs d’alerte : https://stanforddaily.com/2023/07/19/sources-refused-to-part...
Wikipedia traite ici de la fiabilité des sources académiques[0] et recommande une « prudence extrême » lorsqu’on utilise des articles de recherche primaire, en préférant les revues de synthèse
Cette affaire en est exactement un exemple, et j’aimerais que les médias évitent de se précipiter sur ce type de publication avant qu’elle n’ait fait l’objet de vérifications, de reproductions et d’examens bien plus larges. C’est particulièrement inquiétant quand des recherches médicales primaires arrivent avec enthousiasme entre les mains des médecins des années avant les revues systématiques de la littérature qui en tempèrent la portée
[0] https://en.wikipedia.org/wiki/Wikipedia:Reliable_sources#Som...
Quand il faut prendre une décision, c’est parfois la meilleure information disponible
Le problème commence quand des non-spécialistes essaient de comprendre un sujet. On peut facilement trouver des articles contenant des preuves et des résultats contradictoires, et il faut des connaissances de base pour les interpréter
Selon Jerry Yang, président du conseil d’administration de Stanford, Tessier-Lavigne va se retirer « à la lumière du rapport et de son impact sur sa capacité à diriger Stanford »
Donc Jerry Yang, c’est bien le Jerry Yang cofondateur de Yahoo, je ne savais pas qu’il siégeait au conseil de Stanford
À Stanford, Yang a siégé au conseil à deux reprises, une première fois de 2005 à 2015. Il a rejoint de nouveau le conseil en octobre 2017 et a aussi occupé le poste de vice-président
Le couple Yang a également fait don de plus de 75 millions de dollars à Stanford
Richard Feynman disait à ce sujet qu’un chercheur ne doit pas se tromper lui-même, qu’il doit être prêt à remettre en question et à douter de ses propres théories et résultats, et à examiner la possibilité de défauts dans sa théorie ou son expérience
Il recommandait aux chercheurs un niveau d’honnêteté élevé, rare dans la vie courante, et expliquait, avec des exemples tirés de la publicité, de la politique et de la psychologie, que la malhonnêteté ordinaire ne peut pas être tolérée en science
« L’expérience nous a appris que la vérité finit par se révéler. D’autres expérimentateurs répéteront votre expérience et découvriront si vous aviez tort ou raison. Les phénomènes naturels seront en accord ou non avec votre théorie. Vous pouvez obtenir un peu de gloire et d’excitation pendant un temps, mais vous n’obtiendrez pas une bonne réputation comme scientifique si vous n’avez pas fait très attention dans ce type de travail. C’est précisément cette intégrité, cette prudence consistant à ne pas se tromper soi-même, qui manque cruellement dans beaucoup de recherches de type cargo cult science. »
Source : https://en.wikipedia.org/wiki/Cargo_cult_science
Les fraudeurs et les mauvais scientifiques finissent par être démasqués
Son poste actuel a probablement aussi été très bien rémunéré ces dernières années, donc il y a de fortes chances qu’il reste financièrement très à l’aise
Pour chaque affaire de cette ampleur, combien d’autres personnes fraudent sans jamais se faire prendre ?
La citation de Feynman parle de ce qu’un scientifique doit faire pour pratiquer la science, pas de ce qu’il faut concrètement, de façon pragmatique, pour faire carrière dans le monde universitaire. En réalité, c’est le second point qui compte davantage. La rigueur et l’intégrité ne suffisent pas à obtenir la titularisation
Cela peut parfois arriver après leur mort. Malheureusement, c’est une fraude difficile à détecter, et il est possible que la plupart des chercheurs tout en haut de l’échelle ne soient jamais assez examinés pour être pris
Des images manifestement retouchées sous Photoshop une fois signalées sont restées publiées dans les plus grandes revues scientifiques du monde pendant 20 ans
Le provost est aussi parti, apparemment parce qu’il savait que le nouveau président choisirait un nouveau provost
Il avait déjà annoncé sa démission il y a 10 semaines, donc il devait savoir qu’une telle issue était probable [1]
[1] https://news.stanford.edu/report/2023/05/03/persis-drell-ste...
Après John L. Hennessy, il y avait quelque chose de terne dans la transition et parmi les nouvelles figures, sans que je sache précisément le formuler à l’époque. Le ton du magazine des anciens a lui aussi changé dans une direction qui ne me plaisait pas, mais c’était alors trop diffus pour que je puisse l’exprimer clairement